Хотя две вариации Windows Mobile (Pocket PC и Smartphone) имеют много общего, сейчас разработчикам приходится модифицировать приложения, написанные для Pocket PC, чтобы они заработали на версии Smartphone, и наоборот.

Однако, Microsoft постепенно ликвидирует различия между этими версиями, и в Windows Mobile 5.0 наконец стало возможным создавать приложения, которые смогут работать на обеих версиях ОС.

Так, например, в версии Pocket PC появились softkeys (ранее бывшие прерогативой Smarphone) - две программные кнопки на экране, которые меняют контекст в зависимости от приложения и управляются двумя аппаратными кнопками под ними. Кроме того, обе версии теперь поддерживают QVGA-разрешение экрана (240х320 точек). В ближайшем будущем станет возможным запускать одну и ту же программу на устройствах с экранами 172х220 точек, QVGA и даже VGA (640х480 точек).

Конечо, далеко не все приложения будут таким образом "унифицированы". Наверняка многие разработчики предпочтут оптимизировать программы под определенный форм-фактор и разрешение экрана. В Microsoft, однако, надеются, что эта практика со временем уйдет в прошлое, по мере все большего слияния КПК и телефонов.